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京东知道用户的新手机号，可能有以下几种原因。
1、用户主动更新：用户在京东平台上进行了个人信息的更新，包括手机号。
2、授权获取：通过用户手机里的通讯录或者授权获取的手机联系人信息，许多应用为了提供更好的服务，会请求访问手机通讯录的权限，如果用户授权京东访问通讯录，京东可能会获取到用户的联系人信息，包括新手机号。
3、关联账号获取：用户的其他账号与手机号绑定过，当用户使用相同的手机号注册京东时，京东就能识别出来，用户可能使用同一手机号注册过京东金融或其他与京东关联的账号。
4、购物时填写：用户在购物过程中填写过自己的手机号，或者参与活动、咨询客服时不经意间已经留下了手机号信息，京东后台系统通过大数据分析比对，识别出用户的手机号更换情况。
5、第三方数据共享：一些第三方数据供应商可能会提供用户的信息给京东，包括手机号变更的情况，但这种情况需要确保合法合规，并且用户同意的情况下进行。
无论哪种情况，京东获取用户信息的目的都是为了提供更好的服务，但用户也有权拒绝提供某些信息或拒绝某些权限，用户也应注意个人隐私的保护，避免个人信息被滥用或泄露，如果用户对京东如何处理其个人信息有疑问，建议查看京东的隐私政策或联系京东客服进行咨询。